منذ افتتاح الجامعة و بالتنسيق ما بين رئاستها و القيادة العامة للقوات المسلحة الأردنية تم تشكيل مكتب شؤون خدة العلم فيها ليتم تسهيل امور الطلبة . و قد باشر المكتب أعماله في بداية الفصل الدراسي الأول من العام الدراسي 86/87 و يعتبر فرعا مكن مكتب شؤون خدمة العلم / اربد و يتبع له كافة الأمور الا انه يتمتع بنوع من الالستقلالية في العمل و التعامل مع الطلبة و الجامعة.
مهام المكتب: ينفذ المكتب مهام تأجيل خدمة العلم للطلبة الذكور المنتظمين في الدراسة, الشرح على طلبات الالتحاق للطلبة المستجدين و على بطاقات تسجيل المواد للفصلين الاول و الثاني و طلبات تأجيل الدراسة لأربعة فصول متتالية للطلبة الذكور و ذلك بعد التأكد من سلامة موقفهم من الخدمة, اعتماد طلبتا الحصول على رخص السوق, متابعة الخريجين و المنسحبين و المنفصلين عن الدراسة و اعلام شعبهم بذلك.
