تم تاسيس قسم الصيدلة التكنولوجية في كلية الصيدلة عام 1987. في عام 1992 تم تعديل الخطة الدراسية لبرنامج البكالوريوس في الصيدلة ليشمل توجهات في الصيدلة السريرية وبناء على ذلك تمت اعادة التسمية ليصبح قسم الصيدلة التكنولوجية والصيدلة السريرية حتى عام 2000 حيث عاد القسم الى تسميته السابقة "الصيدلة التكنولوجية". يعمل قسم الصيدلة التكنولوجية على تقديم عدة مساقات لطلبة درجتي البكالوريوس في الصيدلة ودكتور صيدلة.
يشارك تخصص الصيدلة التكنولوجية في دراسة المبادىء الفيزيوكيميائية للمركبات والمواد المستعملة في تطوير المنتجات الصيدلانية والدوائية المختلفة بالاضافة الى حفظ جودة هذه المواد حسب المرجعيات العالمية والقوانين الدولية. ويساهم هذا التخصص في دراسة انظمة ايصال الادوية وتطوير انظمة ذكية لايصال الدواء ذات كفاءة عالية في علاج المرض من دون احداث اية اعراض جانبية. وتعتبرالصيدلة الحيوية وحركية الدواء جانب اخر حيوي ومهم من جوانب دراسة الصيدلة التكنولوجية حيث يعمل على دراسة عدة عوامل متعلقة بامتصاص الدواء وطرق توزيعه ومعالجته من قبل جسم الانسان. يقدم قسم الصيدلة التكنولوجية ايضا عدة مساقات في مجال الميكروبيولوجيا الصيدلية و يعتمد هذا العلم على دراسة خضائص الاحياء الدقيقة والميكروبات المختلفة التي تعتبر احد الاسباب الرئيسية في الامراض المعدية في جسم الانسان و يهتم علم الميكروبيولوجيا الصيدلية ايضا بدراسة كافة الوسائل المخبرية والاساليب المخبرية الفحصية للامراض المعدية واستعمالات المضادات الحيوية في علاج هذه الامراض سواء كانت بكتيرية الاصل او فيروسية ودراسة الامراض الطفيلية. ان طرق التعقيم ومبادئها الاساسية وخصائص الصحة العامة هي مواضيع ذات اهمية بالغة تعمل الميكروبيولوجيا الصيدلية على دراستها. يطرح قسم الصيدلة التكنولوجية برنامجين للحصول على درجة الماجستير. هما برنامج الماجستير في الصيدلة التكنولوجية وبرنامج الماجستير في حفظ الجودة و يستطيع الطالب الحصول على درجة الماجستير باتباع مسارين دراسيين للدراسات العليا وهم مسار الرسالة والمسار الشامل، و في حالة اختيار الطالب للمسار الشامل للحصول على درجة الماجستير فعلى الطالب اجتياز امتحان شامل نهائي والنجاح به بعد اكمال دراسة 34 ساعة دراسية معتمدة من المساقات النظرية، اما في حال اختيار الطالب لمساق الرسالة فعلى الطالب القيام اتمام 25 ساعة معتمدة بنجاح وكتابة الرسالة التي تعادل 9 ساعات دراسية معتمدة. يعمل القسم على تدريس عدة مساقات لبرامج الدراسات العليا الاخرى المطروحة في الكلية.
وقام القسم في عام 1998 بانشاء برنامج الدكتوراة في الصيدلة التكنولوجية حيث كان هذا البرنامج الاول في المملكة الذي يعمل على منح درجة الدكتوراة في العلوم الصيدلانية. تمنح درجة الدكتوراة من قبل قسم الصيدلة التكنولوجية بعد اكمال الطالب 48 ساعة معتمدة متضمنة النجاح في امتحان شامل يقدمه الطالب في نهاية البرنامج بالاضافة الى القيام بمشروع بحثي شامل والنجاح في الدفاع عن هذا المشروع امام لجنة متخصصة. وقد تم منح اول شهادة دكتوراة عبر هذا البرنامج عام 2003 ونتيجة لبعض العقبات التقنية تم تجميد هذا البرنامج الى اشعار اخر.
تشتمل الاهتمامات البحثية لاعضاء الهيئة التدريسية قي القسم على جوانب تتعلق بالصيدلة الفيزيائية، الصيدلة الصناعية، انظمة ايصال الدواء، التقانات الحيوية، الصيدلة الحيوية وحركية الدواء بالاضافة الى الميكروبيولوجيا الصيدلية.
ويعمل القسم جاهدا على تقديم خبراته للاستفادة منها في خدمة المجتمع المحلي عن طريق المشاريع البحثية بالتشارك مع الصناعات الدوائية الاردنية والمشاركة في المؤتمرات والورش العلمية لتحديث المعرفة العلمية للصيادلة العاملين في قطاعات الصيدلة التكنولوجية.