لتحقيق رؤية ورسالة قسم الصيدلة التكنولوجية فقد قام القسم بوضع الاهداف التالية كأولوية رئيسية للقسم:
- اجتذاب كفاءات عالية من اعضاء هيئة التدريس في مجالات الصيدلة التكنولوجية المختلفة كالصيدلة الفيزيائية، الصيدلانيات، الصيدلة التكنولوجية، الصيدلة الصناعية، الصيدلة الحيوية وحركية الدواء، الميكروبيولوجيا الصيدلية بالاضافة الى التكنولوجيا الحيوية الصيدلانية.
- توفير بيئة اكاديمية ابداعية لتشجيع اعضاء الهيئة التدريسية لتحقيق احدث التقنيات البحثية والتدريب الصيدلاني عن طريق تزويد القسم بأحدث الاجهزة العلمية البحثية والتعليمية بالاضافة الى الاشتراك في اهم المرجعيات والدوريات الصيدلانية العالمية وتزويد مكتبة الجامعة بأحدث المراجع العلمية في مجال الصيدلة التكنولوجية.
- تشجيع التفاعل بين اعضاء الهيئة التدريسية في القسم والكلية والكليات الاخرى في جامعة العلوم والتكنولوجيا بالاضافة الى الجامعات الاخرى والصناعات الدوائية الاردنية والمؤسسات الحكومية المختلفة ونقابة الصيادلة عن طريق الاشتراك يكافة المؤتمرات والورش العلمية المتعلقة بجوانب تطوير مهنة الصيدلة والصناعات الدوائية.
- القيام بابحاث علمية متميزة في مجالات الصيدلة التكنولوجية والتصنيع الدوائي.
- الاشتراك في برامج التعليم المستمر المقدمة للصيادلة الاردنيين.
- العمل على اجتذاب الدعم المادي الخارجي لتطوير النشاط البحثي والتعليم الصيدلاني.
- الاشتراك في اللجان العلمية التابعة للمؤسسات الحكومية في وزارة الصحة، والمؤسسة العامة للغذاء والدواء بالاضاقة الى وزارة التعليم العالي الاردنية.
- الاشتراك في لجان التعليم العالي المختلفة لرفع مستوى التعليم الجامعي ومستوى الخريجين الصيادلة الاردنيين.
- تقديم الخدمة الصيدلانية المتميزة لقطاع الصناعات الدوائية والمجتمع المحلي عن طريق الاشتراك قي المشاريع البحثية المدعومة من خارج الجامعة وتقديم المشورة الاختصاصية لتطوير التكنولوجيا الصيدلية المستعملة في قطاع الصناعات الدوائية والمجتمع الاردني.