مهمة القسم تتفق مع مهمة كلية الطب البيطري:
- يقدم القسم ربط قوي وفريد بين العلوم السريرية والعلوم الاساسية وتكامل فعال في مواد علم الامراض( التشريحي والسريري)، الكيمياء السريرية، امراض الدواجن، علم الاوبئة وصحة القطيع، سلامة اللحوم والالبان وصحة الحيوان فيما يتعلق بالتدريس والبحوث وبرامج الخدمة التي تقدمها كلية الطب البيطري.
- تعليم وتدريب طلبة البكالويوس والدراسات العليا للعمل في وظائف سلامة الغذاء في المصانع والمؤسسات الاكاديمية والمنظمات الاخرى وتوفير تعليم وتدريب لقطاع الصناعة ولمؤسسات الصحة العامة وللمستهلكين.
- توفير فرص التعليم والبحث وبرامج الشراكة مع المجتمع التي تعود بالفائدة على الحيوان والانسان والبيئة من خلال المحافظة على صحة الحيوان وتخفيف معاناة الحيوان والانتاج الحيواني الفعال وكذلك المحافظة على المصادر الحيوانية والبيئية والمحافظة على الصحة العامة.
- تقديم خدمات استشارية وتشخيصية عالية المستوى في مجالات علم التشريح المرضي وعلم الامراض السريرية وامراض الدواجن للمركز الطبي البيطري وللاطباء البيطريين والجمعية الاردنية لحماية الحيوان.
