تتوافق اهداف القسم مع اهداف كلية الطب البيطري:
- المحافظة على معايير عالية المستوى خاصة بتدريب طلبة البكالوريوس والدراسات العليا.
- اعتماد مختبرات الكلية كمختبر وطني مرجعي لتشخيص امراض الحيوان
- اعتبار الكلية مركزا علميا لتقديم الحلول للمشاكل الصحية المتعلقة بالحيوان.
- القيام بالواجبات التعليمية والبحثية في مجالات صحة وانتاج القطيع والامور الاخرى المتعلقة بالصحة العامة مثل سلامة الغذاء والانتاج الحيواني.