بدأت فكرة إنشاء مركز التكنولوجيا الحيوية في الأردن فقط في عام 1998 عندما قدم فريق من أعضاء هيئة التدريس من مجرد اقتراح للبنك الدولي من أجل دعم الجهود البحثية في مجال التكنولوجيا الحيوية، ولتدريب كل من طلاب الدراسات العليا والجامعية. ويستخدم هذا الصندوق الحصول عليها من البنك الدولي لتجهيز مختبرات مع التكنولوجيا للدولة من بين الفن المتعلقة بالتكنولوجيا الحيوية. في عام 2005، تم تأسيس مركز التكنولوجيا الحيوية الأميرة هيا بنت الحسين في جامعة الأردن للعلوم والتكنولوجيا، بما يتناسب  withordinance  عدد 998/2005 الصادر عن مجلس التعليم العالي في 3 مارس 2005. ومنذ إنشاء المركز، وصاحبة السمو الأميرة هيا بنت الحسين دعمت باستمرار المركز ماليا ومعنويا .

ويوفر المركز أعضاء هيئة التدريس وطلاب الدراسات العليا والجامعية، والمنظمات الإقليمية مع بنية تحتية علمية قوية وممتازة لدعم البحوث التجريبية مهم في مجال التكنولوجيا الحيوية، لا سيما في مجالات علم الجينوم، الايض والبروتينات. يضم المركز ما مجموعه ستة عشر مختبرات الأبحاث وتحتل ما يقرب من 1500 متر مربع.​